Im Rat vertreten sind mit Sitz und Stimme alle fünf Bünde (Bund der Baptistengemeinden, Bund der Evangelikalen Gemeinden, Freie Christengemeinden, Mennonitische Freikirche, Elaia Christengemeinden). Weitere Funktionen übernommen haben Pastor Dietrich Fischer-Dörl (Schriftführer), Pastor Christoph Windler (stv. Schriftführer), DI Erich Röhrer (Kassier), Pastor Markus Marosch (stv. Kassier).
 
Die Funktionsperiode für den Vorsitz des Rates geht über zwei Jahre. Pastor Franz Gollatz ist somit seit der Anerkennung der gemeinsamen Kirche im Jahr 2013 der sechste Vorsitzende und zugleich Sprecher der Freikirchen in Österreich.
 
Eine feierliche Stabübergabe mit Segnung findet am Freitag, 15. September, um 17 Uhr in der Baptistengemeinde Wien-Mollardgasse statt. Zugleich wird dabei auch der erste Vorsitzende der jungen Kirche, der Generalsekretär im Bund der Baptistengemeinden, Pastor Walter Klimt bedankt und aus dem Rat verabschiedet.